Институтът е акредитиран да обучава докторанти по следните научни специалности:
- „История на България“
- „Нова и най-нова обща история“
- „Средновековна обща история“
- „Документалистика, архивистика, палеографика, включително историография и изворознание“
Ива Методиева Инджова. Докторант редовна форма
- срок – 2013-2016
- Научен ръководител: доц. д-р Бистра Николова
- Тема: „Търновската архиепископия – патриаршия XIII-XIV век (вътрешно състояние и църковно-политически измерения)“ защитена на 18 октомври 2016 г.
Мирена Митова. Докторант задочна форма.
- Зачислена: юни 2016 г.
- Научен ръководител: проф. д-р Илияна Марчева.
- Тема: „Международен панаир – Пловдив“ във външнотърговската политика на България по време на Студената война“ защитена на 15 април 2022 г.
Николай Поппетров. Докторант свободна форма.
- Зачислен: 28 юни 2016 г.
- Научен консултант: доц. д-р Александър Гребенаров.
- Тема: „Съюзите на „Отец Паисий“ (1927/1933-1944)“.
Стефан Шивачев. Докторант на самостоятелна подготовка.
- Зачислен: април 2016 г.
- Научен консултант: доц. д-р Росица Стоянова.
- Тема: „Ролята на община Пловдив за развитието на града през периода 1886-1944 г.“
Катина Йонева. Докторант редовна форма.
- Зачислена: 2014 г. Отчислена с право на защита: 1 февруари 2017 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Валентин Катранджиев.
- Тема: „Външната политика на кралство Швеция: приемственост и трансформация в рамките на европейския интеграционен модел“.
Венелин Михайлов. Докторант редовна форма.
- Зачислен: февруари 2014 г. Отчислен с право на защита: февруари 2017 г.
- Научен ръководител: проф. д-р Илияна Марчева.
- Тема: „Аграрният въпрос в България (1991 – 2001) – политически и социално-икономически аспекти“.
Нена Василева. Докторант редовна форма.
- Зачислена: февруари 2014 г. Отчислена с право на защита: 1 февруари 2017 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Александър Гребенаров.
- Тема: „Българското управление в западните покрайнини, 1941-1944“.
Десислава Костадинова. Докторант редовна форма.
- Зачислена: януари 2014 г. Отчислен с право на защита: февруари 2017 г.
- Научен ръководител: проф. д.и.н. Валери Стоянов.
- Тема: „Развитие на помощните исторически науки в България след Втората световна война. Историографски и библиометричен анализ“.
Росен Иванов. Докторант на самостоятелна подготовка.
- Зачислен: 2 май 2013 г. Отчислен през 2016 г. с право на защита.
- Научен консултант: доц. д-р. Пенка Пейковска.
- Тема: „История на музейното дело в Югозападна България от 30-те до 90-те години на ХХ в.”.
Виктор Рогозенски. Докторант редовна форма.
- Срок: 2013 – 2016 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Теодоричка Готовска-Хенце.
- Тема: Парижката мирна конференция: концепции и реалности (по примера на Тешин)“, защитена: 19 септември 2016 г.
Симона Самуилова. Докторант редовна форма.
- Срок: 2012 – 2015 г.
- Научен ръководител: проф. д.и.н. Витка Тошкова.
- Тема: „Образователните програми на САЩ в публичната дипломация към ФРГ и НРБ, 1969–1975: цели и постижения“, защитена на 15 август 2016 г.
Марио Стойков. Докторант редовна форма.
- Зачислен: август 2012 г. Отчислен с право на защита: август 2015 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Екатерина Вечева.
- Тема: “Европа, Рим и българите католици през XVII век”.
Филип Буров. Докторант редовна форма.
- Зачислен: февруари 2012 г. Отчислен с право на защита: февруари 2015 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Илияна Марчева.
- Тема: „Началото на прехода: дейността на първите демократични правителства в България 1990 – 1994“.
Чавдар Ветов. Докторант редовна форма.
- Зачислен: февруари 2012 г.
- Научен ръководител доц. д-р Манчо Веков.
- Тема: „Фотодокументите (XIX средата на XXв.) като исторически извори и тяхното съхранение в архивните институции“, защитена: 3 април 2015 г.
Веселина Узунова. Докторант на самостоятелна подготовка.
- Научен консултант: доц. д-р Румяна Чукова.
- Тема: „Американо-иранските отношения между две кризи – национализацията на петрола (1951) и кризата със заложниците (1979)“, защитена: 7 юли 2015 г.
Елица Велева. Докторант редовна форма.
- Срок: 2012 – 2015 г. Отчислена с право на защита: 1 февруари 2015 г.
- Научен ръководител: проф. Александър Федотов (НБУ).
- Тема: „Американското влияние при изработването на модела за образование в Япония и Република Корея“.
Кирил Ненов. Докторант редовна форма.
- Срок: 2011 – 2014 г.
- Научен ръководител: акад. Васил Гюзелев.
- Тема: „България и българите в географско-пътеписната книжнина и картографията от XIII-XIV век”, защитена: 2014г.
Даниела Вичкова. Докторант редовна форма.
- Зачислена: октомври 2011 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Огняна Маждракова – Чавдарова.
- Тема: „Българското централно благотворително общество (БЦБО) (1876-1877). Структура и програма“, защитена: 8 юли 2015 г.
Емил Доков. Докторант редовна форма.
- Срок: 2010 – 2013 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Тамара Стоилова.
- Тема: „Политиката на Свещения съюз и Ранното италианско Рисорджименто (1815 – 1830 г.)“.
Тиен Дзиендзюн (Китай). Докторант на самостоятелна подготовка.
- Зачислен: октомври 2010 г.
- Научен консултант: доц. д-р Антоанета Запрянова.
- Тема: „Род и родово съзнание у българи и китайци в ново и най-ново време“, защитена: септември 2012 г.
Таня-Йоана Георгиева Минкова. Докторант на самостоятелна подготовка.
- Зачислена: януари 2010 г.
- Научни консултанти: ст.н.с. ІІ ст. д-р Антоанета Запрянова и ст.н.с. ІІ ст. д-р Василка Танкова.
- Тема: „Българското въздухоплаване (1912-1944 г.). Исторически и извороведски аспекти на управлението на човешките ресурси“, защитена: април 2016 г.
Андреас Балнус (Германия). Докторант на самостоятелна подготовка.
- Зачислен: юли 2009 г.
- Научен консултант: ст. н. с. ІІ ст. д-р Антоанета Запрянова. (Езиков научен консултант: ст. н. с. І ст. д.и.н. Валери Стоянов).
- Тема: „Градските картинни изображения. Извороведски и археографски проблеми (по емпиричен материал от Мекленбург – ХVІ-ХVІІІ век)“, защитена: октомври 2010 г.
Дитер Шайдиг (Германия). Докторант на самостоятелна подготовка.
- Зачислен: юли 2009 г.
- Научен консултант: ст. н. с. І ст. д.и.н. Валери Стоянов.
- Тема: „Сепулкралната история като компонент на социокултурната история. Извороведски проблеми (по емпиричен материал от новата история на Мекленбург)”, защитена: октомври 2010 г.
Стефан Димитров. Докторант редовна форма.
- Зачислен: март 2009 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Стефка Първева.
- Тема на дисертацията: „Население и селища в Сакар планина и прилежащия й район през XV – XVI в.“, защитена: 25 април 2013 г.
Кръстьо Йорданов. Докторант редовна форма.
- Зачислен: февруари 2009 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Олга Тодорова.
- Тема: „Войнушката институция в българските земи през XV – XVI в.“, защитена: юни 2013 г.
Алека Стрезова. Докторант редовна форма.
- Зачислена: февруари 2008 г.
- Научен ръководител: доц. д-р Василка Танкова.
- Тема: „Българските дипломати. 1879-1912 г.”, защитена: май 2013 г.
Мария Левкова – Мучинова. Докторант редовна форма.
- Зачислена: февруари 2008 г.
- Научен ръководител: проф. д.и.н. Илия Тодев.
- Тема: „Родът Чалъковци през Възраждането“, защитена: април 2012 г.